Es competencia de la Mancomunidad de Sakana la recogida y tratamiento de los residuos municipales. La recogida la realiza la propia mancomunidad, bien directamente o a través de contratos, y ha cedido la competencia del tratamiento al Consorcio de Residuos de Navarra. Éste está formado por todas las mancomunidades de Navarra, excepto la de Pamplona. La limpieza viaria, en cambio, es competencia de los ayuntamientos.
Cuantos más residuos se generan, más más gastos tiene el servicio.
Entre los residuos que recoge la mancomunidad, una mayor proporción de rechazo supone un aumento de los costes generales de la gestión.
Como referencia, algunos de los gastos diarios que se realizan en las viviendas de Sakana son:
